W tym czasie w Królestwie Polskim działa wiele kółek samokształceniowych. Gromadziły one dużą liczbą gimnazjalnej młodzieży. W czasie spotkań poznawano zakazaną literaturę, m.in. Mickiewicza, również dzieła historyczne. Kółka takie kształtowały w młodych umysłach nie tylko patriotyczne uczucia – często czytano również dzieła wolnomyślicieli, materialistów czy ateistów. Młodzi ludzie szybko nasiąkali tego typu światopoglądem. Również Wacław, który obracał się w środowiskach tego typu kółek, zaczyna myśleć w nowy sposób. Traci wiarę, wyrzeka się Boga. Mało tego, jako zdeklarowany ateista walczy z wierzącymi, odwodzi innych od wiary. Jeżeli zachodził do kościoła, to tylko po to, by – jak sam po latach powie – bluźnić Bogu i obrażać Go. „Jeśli się nawrócę, naplujcie mi w oczy!” – krzyczał, szydząc z wierzących (Notatnik duchowy, str. 546). Narasta w nim nienawiść do Boga, wyśmiewa świętych.
Czas buntu Wacława zbiega się z rozpoczęciem architektonicznych studiów w Warszawie oraz śmiercią jego ojca. Koźmiński miał przejąć po ojcu posadę okręgowego budowniczego, w obliczu śmierci ojca staje się to praktycznie nieosiągalne. Wacław pozostaje więc w beznadziejnej sytuacji – kompletny kryzys wiary oraz bunt przeciwko Bogu i wyniesionej z domu wierze, utrata ojca, a więc jednocześnie nadziei na sensowne zarobki w pracowni architektonicznej po studiach.
W kwietniu 1846 Koźmiński zostaje aresztowany. Dlaczego? Tego właściwie nie wiadomo. Carska policja rozpoczęła masowe aresztowania inteligencji z obawy przed rozpoczęciem powstania. Do więzienia zresztą nie było trudno trafić – wystarczył cień podejrzeń, a lądowało się w najcięższym areszcie. Wacławowi nigdy nic nie udowodniono, nie przeszkodziło to jednak by znalazł się w X pawilonie Cytadeli w Warszawie – najcięższym ówczesnym więzieniu, przeznaczonym dla więźniów z wyrokiem śmierci. Warunki były nieludzkie – cela miała wymiary kilka na kilka kroków, miała małe okienko pod sufitem. Więzień był poddawany brutalnym przesłuchaniom, oprócz tego cierpiał głód, przechodził wiele chorób.